Médico y político ecuatoriano, presidente interino de la república entre 1926 y 1929 y presidente constitucional de 1929 a 1931. Realizados sus primeros estudios en su ciudad natal, hizo la carrera de medicina en la Universidad Central de Quito, en donde se graduó en Medicina y Cirugía con la tesis "Leyes biológicas y sus aplicaciones". Completó su formación en Alemania, donde se especializó en obstetricia y Ginecología, en la Universidad de Berlín.
Tras regresar a Ecuador, se dedicó al ejercicio de su profesión y a la docencia: dirigió la Maternidad, la Escuela de Enfermeras por él fundada, el Hospital de San Juan de Dios, el Hospital Civil y la clínica "Isidro Ayora". Fundó, junto con los doctores Ángel Sáenz y Ricardo Villavicencio, la clínica Quirúrgica; estableció la primera Casa-Cuna de Quito; y fue segundo presidente de la Cruz Roja Ecuatoriana.
En el campo de la docencia, se desempeñó como profesor de obstetricia de la Universidad Central, como Decano de la Facultad de Medicina y, desde 1925, como Rector de la Universidad Central. En todos sus cargos se manifestó honesto, serio, creativo y firme. A partir de 1919, incursionó en la política como concejal y presidente del Municipio de Quito. Tras la revolución "juliana", que acabó con la hegemonía del partido Liberal Radical el 9 de julio de 1925, se sucedieron varias Juntas de Gobierno; en la segunda de ellas, Isidro Ayora fue encargado de la Cartera de Previsión Social (enero 1926), recientemente fundada.
El primero de abril del mismo año, se formó otra Junta Suprema de Gobierno, que designó a Isidro Ayora como presidente provisional de la República; en calidad de tal, gobernó hasta 1928,